三郎岩周辺を巡る半潜水型の白い船で、ガラス張りの船の地階からは澄んだ海底の様子を観察できる。魚の泳ぐ姿を眺めながら、50分間の海中散歩を楽しみたい。名勝・三郎岩を間近で見ることができる。

半日エコツアー(3名までの基本料金1万1550円、1名増毎に3850円追加)と1日エコツアー(3名までの基本料金1万9800円、1名増毎に6600円追加)のエコツアーから磯の自然観察をはじめ、島前をフィールドとした多彩な体験を楽しむことができる。宿泊することもでき、4室ある客室は全室和室で、海・森・無人島を見下ろす絶好のロケーションで1泊2食付6900円。

隠岐神社の向かい側に立つ資料館。隠岐神社の宝物をはじめ、後鳥羽院の亡くなる13日前に書いて両手形を押したという後鳥羽院御手印御置文[ごしゅいんおんおきぶみ](複製)、配流前に母の七条院への形見として描かせた後鳥羽院御影(複製)など、後鳥羽上皇に関する資料を多数展示している。所要30分。